Výnosem A. Hitlera o zřízení Protektorátu Čechy a Morava byly české země včleněny pod „ochranu Velkoněmecké říše“. Zároveň byla deklarováno, že „Protektorát Čechy a Morava jest autonomní a spravuje se sám.“ Nikdo ale neměl zůstat na pochybách, komu náleží reálná moc v Protektorátu. Změny poměrů po příchodu nacistů se projevily okamžitě. Zvedení cenzury, rozpuštění politických stran, uzavření českých vysokých škol, jízda vpravo, dvojjazyčné nápisy a celá řada dalších opatření se postupně stávaly každodenní realitou. K ní patřil i přídělový systém a nucené práce pro říši. Zavedení tzv. norimberských zákonů se také zásadním způsobem změnil život židovského obyvatelstva. Po vyhlášení Protektorátu se začal formovat domácí odboj. Zásadní nejen pro něj byl nástup Reinharda Heydricha do funkce zastupujícího říšského protektora v září 1941. Okupačním bezpečnostním složkám se pod jeho vedením podařilo silně narušit strukturu odbojových organizací a represe pokračovaly i po úspěšném atentátu na Heydricha v květnu 1942. Zbytkům odboje trvalo poměrně dlouhou dobu, než se opět zformoval. Masový teror měl značně velmi negativní dopad na obyvatelstvo Protektorátu. Atentát i represe však měly velký ohlas ve světě. V jejich důsledku Velká Británie, Francie i Itálie v průběhu let 1942-1944 prohlásily tuto dohodu za neplatnou.